W Mini Ninjas gracz wcieli się w postać Hiro oraz jego przyjaciół. Jego zadanie jest proste - musi przebywać kolejne wypełnione wrogami poziomy, biegnąc, skacząc i pokonując ich przy pomocy swojej katany. Głównym celem w grze jest jednak odzyskanie skradzionego artefaktu z łap smoka, jak również ocalenie innych wojowników Ninja, którzy zostali przez niego porwani.
