Rozgrywka w Marvel Pinball 3D ma być oparta na klasycznym modelu znanym z automatów, z tym, że będzie rozgrywać się na stołach przygotowanych z myślą o postaciach znanych z uniwersum Marvela. Autorzy zaimplementowali tutaj mnogą ilość rankingów, tryby multiplayer i całą masę innych atrakcji.
