Akcja produkcji przenosi graczy do roku 2097, kiedy to na planecie Mars zostało odkryte życie. Wcielają się tutaj w postać mężczyzny, który jako pierwszy zdecydował się na żywo zapoznać z istotami zamieszkującymi planetę. W wyniku niefortunnego zbiegu wydarzeń, zostaje uwięziony na niej - sam musi dostosować się do obcego sobie ekosystemu, by przetrwać.
Waking Mars to dwuwymiarowa platformówka z elementami znanymi z przygodówek. Gracz przemierza w niej Czerwoną Planetę, by odnaleźć drogę do domu. W końcu jego rola okaże się kluczowa w istnieniu tego miejsca.
