Gra daje graczom możliwość przetestowania ich umiejętności w trybie dla jednego oraz wielu graczy. Gracz jest w stanie stworzyć swój własny, trzyosobowy zespół oraz dopasować go do swoich potrzeb tak, aby pokonać wszystkich przeciwników, z którymi przyjdzie mu się zmierzyć.
- Graj w pojedynkę, bądź też załóż swój własny, trzyosobowy zespół. Utwórz formacje znane z serialu anime lub też bądź oryginalny i przetestuj nietypowe rozwiązania, by poznać nietypowe umiejętności wojowników ninja, ujawniające się jedynie w grupie.
- Rozwinięty tryb multiplayer (wykorzystujący Wi-Fi): tocz pojedynki ze swoimi przyjaciółmi kiedy i gdzie tylko chcesz. Potrzebujesz do tego jedynie jednego dysku UMD.
- W Naruto: Ultimate Ninja Heroes masz możliwość upgrade'owania swoich postaci. Zwiększ atak, obronę, szybkość i inne cechy swoich bohaterów, zdobywając specjalne punkty rozwoju.
- Zostań wojownikiem ninja najlepszym w swoim fachu, przechodząc misje premiowane aż siedmioma kolejnymi rangami. Pokaż innym, że jesteś najlepszy!

