Metal Slug 2 w wersji mobilnej oferuje te same funkcjonalności, do których zdążyli przywyknąć fani serii. Nadal jest to dwuwymiarowa gra akcji (często zwana platformówką), w której pokierować można czterema żołnierzami (Marco, Tarma, Eri oraz Fio). Nie brakuje tu jednak nowości, do których zalicza się specjalny tryb misji, pozwalający graczom na ponowne rozegranie którejś z ukończonych już w trybie głównym misji.
Dodatkowo autorzy byli również zmuszeni do wprowadzenia dotykowych kontrolerów - wraz z możliwością dowolnego umieszczenia przycisków na ekranie pojawiła się opcja automatycznego strzelania, możliwego do uruchomienia przy trzymaniu przycisku strzału. Ponadto gra oferuje opcje rozgrywki wieloosobowej przez Bluetooth i wiele, wiele więcej.
